Upphaf að stofnun St. Jóhann­es­ar­stúrk­unnar Rúnar var stofnun St. Jóhann­es­ar­fræðslu­stúk­unnar Rúnar 25. júní 1931.

Stofnun fullkom­innar St. Jóhann­es­ar­stúku í Rún varð að veruleika 5. ágúst 1932, sem varð þá St. Jóhann­es­ar­stúka númer 2 á Íslandi.

Stúkan Rún hefur í þrígang komið sér upp húsnæði fyrir starf­semina.  Fyrst í nýbyggðu húsnæði Kaupfélags Eyfirðinga í Grófargili , nú Kaupvangs­stræti.

St. Jóhann­es­ar­stúkan Rún flytur síðan í nýtt húsnæði 5. ágúst 1936 að Hafnar­stræti 73.

6. September 1947 var fullbyggt nýtt hús stúkunnar að Gilsbakkavegi 15 tekið í notkun.

1980 var hafist handa að viðbyggingu hússins þar sem það var þá orðið of lítið fyrir alla þá starfssemi sem þar fór fram.  Hornsteinn hússins var lagður á 50 ára afmæli Rúnar 5. ágúst 1982.

Fullbúið var húsið hinn 8. desember 1983 þegar salur Stúart­stúk­unnar var vígður.