Upphaf að stofnun St. Jóhannesarstúrkunnar Rúnar var stofnun St. Jóhannesarfræðslustúkunnar Rúnar 25. júní 1931.
Stofnun fullkominnar St. Jóhannesarstúku í Rún varð að veruleika 5. ágúst 1932, sem varð þá St. Jóhannesarstúka númer 2 á Íslandi.
Stúkan Rún hefur í þrígang komið sér upp húsnæði fyrir starfsemina. Fyrst í nýbyggðu húsnæði Kaupfélags Eyfirðinga í Grófargili , nú Kaupvangsstræti.
St. Jóhannesarstúkan Rún flytur síðan í nýtt húsnæði 5. ágúst 1936 að Hafnarstræti 73.
6. September 1947 var fullbyggt nýtt hús stúkunnar að Gilsbakkavegi 15 tekið í notkun.
1980 var hafist handa að viðbyggingu hússins þar sem það var þá orðið of lítið fyrir alla þá starfssemi sem þar fór fram. Hornsteinn hússins var lagður á 50 ára afmæli Rúnar 5. ágúst 1982.
Fullbúið var húsið hinn 8. desember 1983 þegar salur Stúartstúkunnar var vígður.