St.Jóh.st Njörður var stofnuð 20. október 1999, með aðsetur í stúkuhúsi frímúrara að Ljósatröð 2, Hafnar­firði.  Stúkan er númer 12 í röð St. Jóhann­es­ar­stúkna á Íslandi og er kennd við Garðabæ og Kópavog. Stofn­fé­lagar voru 39 bræður.

Fyrsti stólmeistari St.Jóh.st. Njarðar og stofnandi; Einar Friðrik Krist­insson, fylgdi gamalli hefð og leitaði til Snorra-Eddu við val á nafni stúkunnar.  Hann gaf einnig stúkunni einkunn­ar­orðin „Iðni gefur árangur.“

Margir bræður aðstoðuðu við undir­búning að stofnun stúkunnar, þ.á.m. Gunnar Einarsson Glitn­is­bróðir sem tók að sér hönnun og smíði helstu gripa og áhalda.  Hann gerði skjald­ar­merki Njarðar, gyllt á bláum grunni með múrskeið og hornmáti og fíngerðum hornakrossi sem gerir merkið auðþekkt.  Með syni sínum, Ragnari gerði hann ýmsa aðra muni fyrir stúkuna.  Einkenni embætt­is­manna gerði gullsmið­urinn og Rúnar­bróð­irinn Einar Thorlacius.  Glitnis-bræðurnir Pálmar Ólason og Jón Sigurðsson sömdu hátíð­arlag og ljóð.

Núverandi stólmeistari, Ásgeir Magnússon, tók við stjórn stúkunnar af Guðmundi Sigur­björnssyni árið 2019. Áður höfðu gegnt embætti stólmeistara: Ólafur Haukur Johnson (2004 til 2009) og Pétur Björn Pétursson (2009 til 2014).

Á fyrsta starfsári stúkunnar var tekinn upp sá siður að bjóða systrum til bróður­mál­tíðar að loknum jólafundi með vandaðri og hátíð­legri dagskrá.  Þessir fundir eru afar vinsælir meðal systranna auk þess sem fjöldi gesta heimsækir okkur í Ljósatröð á þessum fundi.

Ólafur Haukur Johnson f.v. stólmeistari tók upp þá nýbreytni haustið 2005 að halda sérstakan fund um miðjan dag á laugardegi sérstaklega ætlaðan bræðrum 70 ára og eldri.   Þessir fundir hafa mælst vel fyrir og er mikil tilhlökkun ætíð ríkjandi hjá Njarð­ar­bræðrum fyrir þessa fundi.

Hefð er fyrir því að Njarð­ar­bræður hefji vetrar­starfið með kirkjuferð ásamt systrum og allt frá stofnun stúkunnar hafa Njarð­ar­bræður farið í stuttar vorferðir með systrum að loknu vetrar­starfi.  Auk þess hafa fjölmargar utanlands­ferðir Njarð­ar­bræðra og systra notið mikilla vinsælda.

Samstarfið við St. Jóh.st. Hamar  í stúku­heim­ilinu að Ljósatröð hefur verið farsælt frá upphafi, en stólmeistarar beggja stúknanna mynda „Hagráð” sem annast rekstur og stjórn stúku­heim­il­isins.

Bókasafnið í Ljósatröð er rekið með myndar­legum hætti og skipar hvor stúka sveit jafnmargra bókavarða.  Undan­farin ár hefur bókasafnið staðið fyrir reglu­legum  fyrir­lestrum, oft í samstarfi við St.Jóh.st. Snorra, um áhugaverð efni frímúr­ara­vísinda.

Stúku­starfið í Nirði er kröftugt og nú er svo komið að bræður sem hafa vígst í stúkuna hafa tekið við flestum embættum.