St.Jóh.st Njörður var stofnuð 20. október 1999, með aðsetur í stúkuhúsi frímúrara að Ljósatröð 2, Hafnarfirði. Stúkan er númer 12 í röð St. Jóhannesarstúkna á Íslandi og er kennd við Garðabæ og Kópavog. Stofnfélagar voru 39 bræður.
Fyrsti stólmeistari St.Jóh.st. Njarðar og stofnandi; Einar Friðrik Kristinsson, fylgdi gamalli hefð og leitaði til Snorra-Eddu við val á nafni stúkunnar. Hann gaf einnig stúkunni einkunnarorðin „Iðni gefur árangur.“
Margir bræður aðstoðuðu við undirbúning að stofnun stúkunnar, þ.á.m. Gunnar Einarsson Glitnisbróðir sem tók að sér hönnun og smíði helstu gripa og áhalda. Hann gerði skjaldarmerki Njarðar, gyllt á bláum grunni með múrskeið og hornmáti og fíngerðum hornakrossi sem gerir merkið auðþekkt. Með syni sínum, Ragnari gerði hann ýmsa aðra muni fyrir stúkuna. Einkenni embættismanna gerði gullsmiðurinn og Rúnarbróðirinn Einar Thorlacius. Glitnis-bræðurnir Pálmar Ólason og Jón Sigurðsson sömdu hátíðarlag og ljóð.
Núverandi stólmeistari, Ásgeir Magnússon, tók við stjórn stúkunnar af Guðmundi Sigurbjörnssyni árið 2019. Áður höfðu gegnt embætti stólmeistara: Ólafur Haukur Johnson (2004 til 2009) og Pétur Björn Pétursson (2009 til 2014).
Á fyrsta starfsári stúkunnar var tekinn upp sá siður að bjóða systrum til bróðurmáltíðar að loknum jólafundi með vandaðri og hátíðlegri dagskrá. Þessir fundir eru afar vinsælir meðal systranna auk þess sem fjöldi gesta heimsækir okkur í Ljósatröð á þessum fundi.
Ólafur Haukur Johnson f.v. stólmeistari tók upp þá nýbreytni haustið 2005 að halda sérstakan fund um miðjan dag á laugardegi sérstaklega ætlaðan bræðrum 70 ára og eldri. Þessir fundir hafa mælst vel fyrir og er mikil tilhlökkun ætíð ríkjandi hjá Njarðarbræðrum fyrir þessa fundi.
Hefð er fyrir því að Njarðarbræður hefji vetrarstarfið með kirkjuferð ásamt systrum og allt frá stofnun stúkunnar hafa Njarðarbræður farið í stuttar vorferðir með systrum að loknu vetrarstarfi. Auk þess hafa fjölmargar utanlandsferðir Njarðarbræðra og systra notið mikilla vinsælda.
Samstarfið við St. Jóh.st. Hamar í stúkuheimilinu að Ljósatröð hefur verið farsælt frá upphafi, en stólmeistarar beggja stúknanna mynda „Hagráð” sem annast rekstur og stjórn stúkuheimilisins.
Bókasafnið í Ljósatröð er rekið með myndarlegum hætti og skipar hvor stúka sveit jafnmargra bókavarða. Undanfarin ár hefur bókasafnið staðið fyrir reglulegum fyrirlestrum, oft í samstarfi við St.Jóh.st. Snorra, um áhugaverð efni frímúraravísinda.
Stúkustarfið í Nirði er kröftugt og nú er svo komið að bræður sem hafa vígst í stúkuna hafa tekið við flestum embættum.