Eitt fegursta helgi­kvæði á íslensku er Lilja Eysteins munks sem allir vildu kveðið hafa.  Þar segir frá hjálp­ræð­is­sögunni allt frá sköpun heimsins til hins efsta dags með hápunktum ljóðsins í verki Jesú Krists, fæðingu, dauða og upprisu.  St. Jóh. stúkan Lilja sækir nafn sitt til kvæðisins en inntak þess felur í sér stef Jóhann­es­arstiganna.

Í kristni er lilja jafnan tákn hrein­leika, kærleika og dyggða.  Hún hefur einnig verið tákn fyrir hinn þríeina Guð, Föður, Son og Heilagan anda og er gamalt tákn Maríu guðsmóður.

Í útsprunginni lilju má sjá fyrir sér krónu­blöðin sem sexydda stjörnu.
Lífskraft­urinn, gróður jarðar, vöxtur og fegurð endur­speglast í liljunni.
Lilja á að vera tákn stúku sem vex og blómstar.

Hinn 15. febrúar 2011 fól SMR, Valur Valsson, Uppl. br. Sigmundi Erni Arngrímssyni að undirbúa stofnun nýrrar St. Jóh. st. í Reykjavík og verða fyrsti Stm. hennar.  Stofn­fé­lagar stúkunnar skyldu vera brr. í St. Jóh. stt. Eddu og Gimli.

Stofnun nýrrar stúku var í samræmi við þá stefnu­mótun sem Æðsta­ráðið hafði áður samþykkt fyrir St. Jóhannesar stúkurnar m.a. í því skyni að auka virkni og áhuga brr. og að styrkja innbyrðis kynni í bræðra­hópunum.  Einn liður þessa var að fá brr. í embætti sem ekki gegndu þá embætti í St. Jóh. stúku.

Br. Sigmundur fékk fljótlega til liðs við sig hóp brr. við undir­bún­inginn en flestir þeirra urðu fyrstu embætt­ismenn stúkunnar.

Undir­bún­ings­hóp­urinn lagði fram tillögur að nafni stúkunnar, kjörorði og skjald­ar­merki sem og stúku­merki og voru þær tillögur samþykktar í ÆR.

Kjörorð stúkunnar er Laboremus In Luce, Juncte Agamus.

Upphafs­stafir latnesku orðanna mynda heiti stúkunnar og er skálda­leyfi notað til að skrifa I í Iuncte sem J – en J er ekki til í stafrófi klass­ískrar latínu.

Á íslensku er kjörorðið: VINNUM Í LJÓSI – STÖRFUM SAMAN

Skjald­ar­merki St. Jóh. stúkunnar Lilju er hvítur, jafnarma kross á bláum grunni.  Litavalið vísar til Jóhann­es­ar­stúk­unnar.  Armar krossins enda í lilju og mynda þannig liljukross.  Hann er tákn fyrir trú, speki og dyggðir.  Í miðju krossins er teningur  sem sóttur er í táknmál Reglunnar.  Horn hans vita að örmum krossins.  Á miðjum tenings­fletinum fléttast saman bláir, oddbogalaga hlekkir.  Þeir raðast upp í hvirfingu sem í senn minnir á útsprungna lilju og sexydda stjörnu.

Stúku­merkið hefur sömu táknmynd (Liljukrossinn) og er á skjald­ar­merkinu.  Grunn­litur er einnig blár.  Merkið er í laginu eins og skjöldur – sléttur að ofan þar sem blár borði Jóhann­es­ar­stúknanna er festur.

Undir­bún­ings­hóp­urinn setti fram einskonar stefnuskrá fyrir verðandi stofn­félaga þar sem sagði meðal annars:

„St. Jóh. st.  [….] byggir starf sitt á Grund­vall­ar­skipan Frímúr­ar­a­regl­unnar á Íslandi. Sérstök áhersla er lögð á þau undistöðu­atriði sem fram koma í 1. og 2. kafla fyrstu bókar.

Markmið Reglunnar er að göfga og bæta mannlífið.  Bræður [….] munu hafa eftir­farandi atriði sem leiðarljós að þessu markmiði.

Efling samkenndar meðal bræðranna er einn mikil­vægasti þáttur stúku­starfsins.  Ein forsenda samkenndar er að bræðurnir kynnist vel innbyrðis.  Stór stúka er því ekki keppikefli heldur er markmiðið að allt starfið einkennist af samheldni og bræðralagi.  Mikilvægt er að í stúkunni eigi bræðurnir athvarf frá amstri daglegs lífs og að hver og einn geti fundið að hann er í hópi vina þar sem menn deila bæði gleði og sorgum.

Sérhver bróðir kappkosti að læra að þekkja sjálfan sig, styrk sinn og veikleika.

Lögð verði sérstök rækt við fjölskyldur bræðranna s.s. með sameig­in­legum samkomum, utan hins hefðbundna stúku­starfs, ferða­lögum, þátttöku í listvið­burðum og öðru sem til heilla horfir.

Siðbundið starf sé agað og fundartexti fluttur á markvissan og áheyri­legan hátt.  Umgjörð og innhald myndi samofna heild.

Tónlistar­flutn­ingur er ómissandi og eðlilegur þáttur fundar­haldsins.

Á fræðslufundum verði lögð áhersla á erinda­flutning um HKÍ og reynt að skilgreina og tengja hana við hið daglega líf.  Fundirnir verði einnig vettvangur fyrir opin samtöl þar sem bræðurnir eru hvattir til að tjá hug sinn og tilfinn­ingar til stúku­starfsins.

Stofn­fé­lagar eru eins konar guðfeður hinnar nýju stúku.  Það er í þeirra höndum að vinna að því að ofangreind markmið verði höfð að leiðar­ljósi í stúku­starfinu.

Til þess að góður árangur náist strax frá stofnun stúkunnar þurfa stofn­fé­lagar að vera samhentir í því að sækja fundi hennar og samkomur “af iðni og ástundun”.

Verkefni stofn­félaga er meðal annars að taka inn nýja bræður, þroska þá og þjálfa. Bræðrunum verði búið gott veganesti fyrir ferð þeirra á frímúr­ara­brautinni svo þeir séu vel undir­búnir fyrir áfram­haldandi starf í St. Andr. st. og á æðri stigum.

Jafnframt þurfa stofn­fé­lagar að bera það leiðarljós, sem stúkan starfar eftir, til komandi kynslóða.“

St. Jóh. st. Lilja var vígð við hátíðlega athöfn af SMR Vali Valssyni 1. febrúar 2012.  Stofn­fé­lagar voru 24 brr. úr St. Jóh. st. Eddu og jafnmargir úr St. Jóh. st. Gimli auk 10 brr. úr öðrum stúkum. Stofn­endur og fyrstu embætt­ismenn stúkunnar voru:

Stm. Sigmundur Örn Arngrímsson;
1. Vm. Árni Esra Einarson;
2. Vm. Jóhann Loftsson;
E.Stv. Jens Guðjón Einarsson;
Y.Stv. Birgir Þór Borgþórsson;
Rm. Sr. Kristján Björnsson;
Sm. Haraldur Dean Nelson;
R. Valdemar Steinar Jónasson;
Fh. Jóhann Ólafsson;
L. Jón Stefán Karlsson;
S. Sigurður Rúnar Jónsson.

Svaramenn stúkunnar voru br. Bergur Jónsson og br. Ingolf Jóns Petersen.

Á fyrsta reglu­legum stúkufundi á I stigi þann 8. febrúar 2012 skipaði Stm. stúkunnar alla varamenn embætt­is­manna og Bræðra­nefnd.  Jafnframt voru kosnir endur­skoð­endur reikninga til næsta Fjhst fundar.  Á þeim fundi var fyrsti umsækj­andinn, Davíð Jóhannsson, tekinn inn í stúkuna.  Alls hafa 24 nýir frímúr­ara­bræður verið teknir inn (nóv. 2016) en að auki hefur á annan tug brr. flutt sig til stúkunnar.  Einn bróðir hefur látist frá stofnun stúkunnar.