St. Jóh.stúkan Fjölnir var stofnuð að skipan þáverandi SMR Gunnars J. Möller.
Stofndagur var 25. janúar 1987. Ákvörðunin um stofnunina var tekin á fundi ÆR Frímúrarareglunnar þann 17. september 1985. Undirbúningurinn var falinn br. Vali Valssyni og valdi hann með sér bræður sem störfuðu að þessu markmiði með honum.
Stofnendur stúkunnar voru 39 talsins. Þessi tala kemur svo fram í merki stúkunnar sem 39 hlekkir í órjúfanlegri keðju.
Stofnendur Fjölnis 1987
Meginhluti bræðra við stofnun komu úr St. Jóh.st. Mími en segja má að bræður hafi komið úr því sem næst öllum starfandi St. Jóh.st. innan Frímúrarareglunnar.
Við stofnun St. Jóh.st. Fjölnis sagði Valur Valsson, sem var fyrsti Stm. stúkunnar:
Eitt íslenskt skáld átti sér þessa bæn til lífsins: „Hafir þú eitthvert smáhlutverk, þar sem maður leitar sannleikans, viltu þá lofa mér að leika það?“ Reglan hefur nú falið okkur mikilvægt hlutverk, þar sem maður leitar sannleikans. Okkar er að leika það svo, að verði Reglunni til þroska og bræðrunum til heilla. Í okkar umsjá er nú nýgræðingur. Það er skylda okkar að annast hann af bróðurlegri umhyggju, veita honum skjól, birtu og yl, svo að af honum vaxi voldugt tré.“
SMR, Gunnar Möller, fylgdi St. Jóh.stúkunni úr hlaði með góðum óskum um velfarnað í bráð og lengd:
„Ég lýsti því í inngangsorðunum, að mikilvægt væri að fá hæfan leiðtoga. En í öllum stúkum er hver bróðir mikilvægur hlekkur og alveg sérstaklega liggur það í augum uppi í fámennu liði, eins og því sem hér ýtir úr vör.“
Fyrsta starfsárið voru eingöngu þrír umsækjendur teknir inn í stúkuna en síðan að jafnaði sjö á hverju starfsári.
Vissar hefðir hafa skapast í tímans rás við störf innan stúkunnar. Utan fjárhagsstúkufundar og lokafundar eru ekki teknir inn innsækjendur á H&V stúkufundi, jólafundi og fundi sem er að jafnaði haldinn í dymbilviku fyrir páska. Þá er fastur siður að lesin er Fjallræðan og meira er um tónlist en endranær.
Eftir að ákvörðun um stofnun nýrrar stúku í Reykjavík var samþykkt á fundi ÆR Frímúrarareglunnar á Íslandi árið 1985 hófst vinna við að finna nafn á stúkuna, merki og kjörorð. Ákveðið var að nýja stúkan skyldi heita Fjölnir, byggja á kærleika og merki hennar vísa til heitis hennar, kjörorðs, bræðralagsins og fjölda stofnenda stúkunnar.
Nafnið Fjölnir er sótt í Snorra-Eddu eins og nöfn flestra annarra St. Jóh.stúkna hér á landi. Nafnið er alföðurkenning í Gylfaginningu. Þar segir frá því að alfaðir hafi átt 12 nöfn í Ásgarði hinum forna, hið fimmta þeirra var Fjölnir. Hér er líka vísað til þess að Fjölnir er fimmta St. Jóh. stúkan í Reykjavík.
Caritate
Einkunnarorð eða kjörorð stúkunnar er CARITATE, sem er latína og þýðir „í kærleika“. Það lýsir trausti á algóðan kærleika HHHHoJ og bróðurkærleika sem vera skal undirstaða stúkustarfsins. Eldurinn í skjaldarmerkinu táknar orðið.
Á skjaldarmerki stúkunnar er gyllt hringlaga keðja á bláum fleti og innan hennar hvítur jafnhliða þríhyrningur utan um tendrað ljós.
Einkunnarorðið stendur neðst á hvítri gullbryddaðri umgjörð ásamt heiti stúkunnar og aðsetri hennar, Reykjavík.
Akur 
Edda 
Gimli 
Glitnir 
Hamar 
Hlér 
Iðunn 
Lilja 
Mælifell 
Mímir 
Njála 
Njörður 
Röðull 
Rún 
Sindri 
Snorri 
Vaka